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分类:实验技术
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丛林
2016年6月16日星期四
局域网中共享Lantern上网(iphone ios)
1、电脑端设置:右键Lantern桌面图标,选择属性->快捷方式中的目标选项,空格隔开后在后面增加一条 -addr 你电脑的ip地址:8787,例如-addr 192.168.199.166:8787,保存后重启Lantern。
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R语言如何实现文献计量——bibliometrix包的使用 – 知乎
R语言如何实现文献计量——bibliometrix包的使用
本文参考了R语言统计与绘图和走天涯徐小洋地理数据科学公众号的文章,膜拜大神!推荐大家关注!(两位老师请后台结一下广告费( • ̀ω•́ )✧)另外R语言统计与绘图公众号的文章来源于生态R学社 ,作者生态R学社,感谢大佬提醒,同样推荐关注生态R学社(๑> <)☆
上周组会的时候,老板提到让大家学习一下文献计量的方法,推荐了CiteSpace这个软件,我之前有试着用过这个软件,确实挺好用的,就是用起来不太顺手 ̄へ ̄。
我想起之前在R语言统计与绘图公众号上看到了引自生态R学社的bibliometrix,快速实现文献计量分析的酷炫R包这篇文章,就想试一下,正好假期整理之前在微信浮窗的好文章(PS.有木有人和我一样,在微信更新浮窗无数量限制后,里面堆满了无数的文章),发现了徐老师的R语言文献计量分析初探,如获至宝,仔细阅读两篇文章之后,决定自己也记录一下这么酷炫的R包ヾ(゚∀゚ゞ)
bibliometrix包官网:https://www.bibliometrix.org/index.html…
1 准备
1.1 安装bibliometrix
包:
install.packages(‘bibliometrix’, dependencies=TRUE)
借助R的shiny工具,叫做BiblioShiny,它的底层其实就是Bibliometrix包
通过以下方式调用这个shiny程序:
library(bibliometrix)
biblioshiny()
第一次启动Shiny程序,可能会由于缺少某些支持的包而报错,可以手动安装一下对应缺失的包。

如上图就是缺少‘httpuv’这个名字的程辑包,安装就行:
install.packages("httpuv")
如此缺啥补啥,直到可以运行为止(=゚ω゚)ノ
成功后会自动调用你的默认浏览器,出现如下工作界面:
1.2 文献数据准备
bibliometrix包官网给出了支持的文献搜索引擎和引文格式:
以Web of Science为例,我搜索的是我目前在做的Atmospheric carrying capacity,注意:这里记得数据库选择核心合集,不然后面导出时会有问题
然后导出为其他文件格式,这里记录内容要选择全纪录与引用的参考文献,支持的BibTeX、 plaintext和EndNote Desktop格式都可以选,我这里选择纯文本。
一次只能导出500条,我有774条记录,导出了两次,然后把这两个txt文件压缩为.zip格式( ̄︶ ̄)
2 导入数据
在刚打开的浏览器中,选择Data→Import or load files,导入数据:
导入成功如下ヾ(=・ω・=)o:
3 开始分析
3.1 数据情况
3.1.1 年发文量
Dataset→Annual Scientific Production
统计年发文量
3.1.2 平均每年引用量
Dataset→Average Citations per Year
3.1.3 三个字段之间关系的桑基图
Dataset→Three-Fields Plots
看三个字段之间关系桑基图
3.2 文章来源分析
3.2.1 主要相关文章来源
Sources→Most Relevant Sources→Apply
3.2.2 来源聚类分析
Sources→Source clustering through Bradford’s Law
3.2.3 来源影响因子
Sources→Source Impact
支持H指数、G指数、M指数和总被引量
3.2.4 来源活跃度
Sources→Sources Dynamics
3.3 作者分析
3.3.1 最相关作者
Authors→Most Relevant Authors
3.3.2 作者不同时间发文情况
Authors→Authors’ Production over Time
通过这个可以显示不同作者发文情况,发文最多的前20名作者发文时间段和发文量,统计发文量前多少名的作者可以自由设置。
3.3.3 相应的作者的国家
Authors→Corresponding Author’s Country
3.3.4 发文机构比较
Authors→Most Relevant Affiliations
3.3.5 发文量国家比较
Authors→Country Scientific Production
3.3.6 被引量国家比较
Authors→Most Cited Countries
3.4文章分析
3.4.1 最高被引文章
Documents→Most Global Cited Documents
3.4.2 Reference Spectroscopy
Documents→Reference Spectroscopy
3.4.3 词云分析
Documents→WordCloud
3.4.4 Word Dynamics
Documents→Word Dynamics
3.4.5 Trend Topics
Documents→Trend Topics
3.5 Coupling Map
3.6 热点和共现网络
3.6.1 共现网络
3.6.2 Thematic Map
3.6.3 Thematic Evolution
3.6.4 因子分析
3.7 时序图
3.8 Collaboration WorldMap
就是这样啦,我都试着弄了弄,挺好玩的(*・ω-q),bibliometrix
包真是够酷炫。
大家还有什么好玩的用法,可以评论呀ヾ(=・ω・=)o
有机会我再写一下CitySpace的用法
下次见( ̄︶ ̄)
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Micro CT中的骨分析参数解读_中国生物器材网
Micro CT中的骨分析参数解读_中国生物器材网
点击次数:30199 发布日期:2018-12-20
来源:本站 仅供参考,谢绝转载,否则责任自负
MicroCT是一种结合了影像学检查无创性和组织学检测高分辨率特点的技术,由于骨骼与其它身体组织在X射线衰减性能方面有相对明显差别,因此Micro CT特别适合骨骼成像,骨骼参数的研究也是MicroCT的重要应用领域之一。
在前面的文章里,我们分享了Micro CT在骨分析中的一些案例,今天再和大家介绍一下Micro CT中的骨分析参数。
二、骨分析参数解读
借助影像处理软件,可在Micro CT的扫描成像图上选择感兴趣区域(region of interest,ROI)做阈值分割等操作,可以将皮质骨和松质骨进行分割,分别提取到不同组织区域,从而对皮质骨和松质骨(骨小梁)的各种形态学特性进行研究和分析,得到表征骨骼生长和发育水平的参数(见表1)。
指标名称 | 简写 | 单位 | 解释及意义 | |
通用参数 | 骨表面积 | BS | mm2 | 通过移动立方体算法对骨组织进行三角测量计算的骨组织表面积 |
组织体积 | TV | mm3 | 指感兴趣区域总体积,该指标主要根据研究者或研究重点观察区域而定 | |
骨体积 | BV | mm3 | 指感兴趣区域中被定义为骨组织的体积 | |
骨表面积骨体积比 | BS/BV | 1/mm | 表示单位体积骨组织的面积大小 | |
骨表面积组织体积比 | BS/TV | 1/mm | 又称为骨表面积密度,可以间接反映骨量多少 | |
骨体积分数 | BV/TV | % | 表示骨组织体积与组织体积比值,可直接反应骨量变化情况 | |
骨矿物质含量 | BMC | mg | 表示感兴趣区域骨组织中,所含骨矿物质量的多少 | |
骨矿物质密度 | BMD | g/cm3 | 表示感兴趣区域骨组织中,骨矿物密度的多少 |
进一步的,借助主要成分为羟基磷灰石的体模,可以根据体模在Micro CT中的成像灰度值,来计算和分析皮质骨/松质骨的组织骨密度(TMD,Tissue Mineral Density)或骨矿物质密度(BMD,Bone Mineral Density)。因骨组织总矿物质含量和矿化程度因解剖部位、生长状态、性别及年龄等因素存在较大差异,对于骨骼研究有重要价值,Micro CT不仅可以迅速地获得样本的BMD,而且不会破坏骨组织标本结构,这与传统评价矿化程度的方法(如定量显微成像术、散射电子显微镜及灰份含量)相比,具有显著优越性[2]。
从骨小梁的微结构可计算得到骨小梁数(Tb.N)、骨小梁厚度(Tb.Th)和骨小梁分离度(Tb.Sp),这些是评价骨小梁空间形态结构的主要指标。在骨分解代谢大于骨合成代谢时情况下,比如发生骨质疏松时,Tb.N和Tb.Th数值减少;Tb.Sp数值增加。(注:进一步的,这些参数分析可推广到多孔材料的研究,Tb.Th和Tb.Sp数值可理解为孔壁厚度和孔隙率。)
骨小梁模式因子(Tb.Pf)、各向异性程度(degree of anisotropy,DA)和骨小梁连接密度(Conn.D)也是表现骨质状态的重要参数。
比如1)骨小梁模式因子(Tb.Pf)用于形容骨小梁表面凹凸程度,其与结构模式指数(SMI),是描述小梁结构组成结构中板层结构和杆状结构比例的参数。如果结构中骨小梁主要为板层结构,那么SMI接近于0;反之,如果主要是杆状骨小梁,SMI则接近3。发生骨质疏松时,骨小梁从板状向杆状转变,该值增大。2)各向异性程度(DA)用于评价骨小梁的方向性和对称性,指椭圆体截距长度平均值(MIL)中长径和短径的比值,该比值越大说明各向异性程度越大。在骨质疏松早期,承重骨小梁DA值通常增加,随着骨质疏松加剧,DA会减小。3)骨小梁连接密度(Conn.D)表示每立方毫米体积中骨小梁网状结构之间的连接数量。
在Micro CT的扫描成像结果中,对这些参数进行分析,便可对骨小梁的强度和骨质量进行研究。
(上:正常大鼠股骨骨小梁;下:骨质疏松大鼠股骨骨小梁)
表2、骨小梁分析参数表
指标名称 | 简写 | 单位 | 解释及意义 | |
骨小梁分析参数 | 骨小梁数目 | Tb.N | 1/mm | 代表感兴趣区域中,每mm中骨组织与非骨组织交点数量的平均值 |
骨小梁厚度 | Tb.Th | μm | 表示骨小梁平均厚度 | |
骨小梁分离度 | Tb.Sp | μm | 表示骨小梁之间髓腔平均宽度 | |
骨小梁模式因子 | Tb.Pf | 1/mm | 是衡量骨小梁连接度的一个指标,有相对凸性或凹性。该值降低提示骨小梁由杆状向板状变化,发生骨质疏松时Tb.Pf增加,即骨小梁从板状变为杆状 | |
结构模式指数 | SMI | — | 描述小梁结构组成结构中板层结构和杆状结构比例的参数。如果结构中骨小梁主要为板层结构,那么SMI接近于0;反之,如果主要是杆状骨小梁,SMI则接近3 | |
各向异性程度 | DA | — | 用于评价骨小梁的方向性和对称性 | |
骨小梁连通性 | Connectivity | — | 表示感兴趣区域内骨小梁网状结构之间的连接数量 | |
骨小梁连接密度 | Conn.D | 1/mm3 | 表示每立方毫米体积中骨小梁网状结构之间的连接数量 | |
分形维数 | FD | — | 用于评价骨小梁的不规则度和复杂度 |
(左图紫色部分:正常大鼠股骨皮质骨;右图紫色部分:骨质疏松大鼠股骨皮质骨)
指标名称 | 简写 | 单位 | 解释及意义 | |
皮质骨参数 | 皮质骨总面积 | Tt.Ar | mm2 | 为皮质骨横断面的总面积 |
皮质骨面积 | Ct.Ar | mm2 | 为皮质骨横断面的平均截面积 | |
皮质骨厚度 | Ct.Th | μm | 感兴趣区域皮质骨的平均厚度 | |
皮质骨面积和总面积的比值 | Ct.Ar/Tt.Ar | % | 表示皮质骨横断面的平均截面积和总面积的比值 | |
骨髓腔面积 | Ma.Ar | mm2 | 表示骨髓腔在中段骨横截面骨组织中的平均截面积 |
在骨组织研究领域,Micro CT可以很好地研究骨结构和骨密度的数量性指标及微细改变,可指导组织工程、基因工程等科学研究,已逐渐发展为可加强甚至代替组织学分析的一种成熟的技术,Micro CT在各学科的广泛应用拥有广阔的市场前景,也将为各学科的研究带来新的发展机遇。
注:
- 王云钊等.骨关节影像学(第2版).科学出版社,2010.7
- 魏占英,章振林. Micro-CT在骨代谢研究中骨微结构指标的解读及应用价值.中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志[J], 2018(2): 200-205;
- 裴葆青;王田苗;王军强. 松质骨微观骨小梁结构的生物力学综合分析. 北京航空航天大学学报[J], 2008(02): 215-218.
- [4]. 骨形态计量学目前应用专家共识. 中国骨质疏松杂志. 2014, 20(9): 1031-1038.
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BioRender 素材 icon




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药物性牙龈增生的前因后果
药物性牙龈过度生长,也被称为药物性牙龈肿大,先前也称之为药物性牙龈增生,是环孢素(CsA)和他克莫司(TAC)等钙调神经磷酸酶抑制剂,苯妥英钠(PHT)等抗惊厥类药物和氨氯地平及硝苯地平等钠通道阻滞剂(CCBAs)等药物比较显著的副作用。
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Micro CT 中的骨分析参数解读
骨由骨质、骨膜、骨髓、骨的血管、淋巴管和神经构成。在Micro CT中,可对骨质部分进行深入的形态学分析和研究。骨质分密质和松质:骨密质配布于骨的表面,也称皮质骨;骨松质由骨小梁排列而成,配布于骨的内部,骨小梁的排列与骨所承受的压力和张力的方向一致,因而能承受较大的重量。骨髓腔和松质间隙内充填有骨髓。[1] 借助影像处理软件,可在Micro CT的扫描成像图上选择感兴趣区域(region of interest,ROI)做阈值分割等操作,可以将皮质骨和松质骨进行分割,分别提取到不同组织区域,从而对皮质骨和松质骨(骨小梁)的各种形态学特性进行研究和分析,得到表征骨骼生长和发育水平的参数(见表1)。
表1、 通用骨分析参数表 在通常情况下,当比较对象感兴趣区域骨组织(TV)相同时,BV和骨体积分数BV/TV都能反映骨量多少;骨表面积骨体积比值(BS/BV)和骨表面积组织体积比值(BS/TV),可以间接反映骨量多少;骨体及分数(BV/TV)是皮质骨和松质骨骨量评价常用指标,对于髓腔内松质骨而言,该比值能够反应不同样本骨小梁骨量的多少,该值增高说明骨合成代谢大于分解代谢,骨量增加,反之亦然,从而能够间接反应骨代谢状况。在评价长骨中段皮质骨骨量和骨代谢状况方面具有同样的价值。 |
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