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如何查找基因的CDS, 5’UTR,3’UTR序列 – 优宝生物

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如何查找基因的CDS, 5’UTR,3’UTR序列

优宝生物2014-07-23
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由上图可知,5’UTR 和 3’UTR虽然是基因上不被翻译的区域,但他们本身属于Exon,因此找出他们的序列很简单。如我现在要寻找human LDLR(人源低密度脂蛋白受体)这个基因的5’UTR及3’UTR,我直接在NCBI的GENE里面输入LDLR,然后找human的这个GENE,显示如下:

看到这个页面后,下拉寻找LDLR的mRNA序列信息 点击下图的NM_000527.4,便可得到LDLR的mRNA全序列。

看到Homo sapiens low density lipoprotein receptor (LDLR), transcript variant 1, mRNA后,往下拉菜单,会发现CDS的信息,直接点击CDS,下方的CDS序列则被深红标出,而CDS前面180多bp则为LDLR的5’UTR,而CDS后面2000多bp的则为LDLR的3‘UTR:

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