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浙江大学华家池Covaris超声染色组DNA CHIP破碎条件

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1ml的超声瓶子,加1ml体积的超声buffer(这个buffer根据自己的chip试剂盒决定),大概800w细胞量(人原代细胞,两个大皿)

200

5

200

超声时间5min比较合适

从左至右,分别超声时间为3min,5min,7min

 

 

 

 

 

 

 

我是1ml的DNA,超声到3min时,暂停,吸出50ul,到5min时,暂停,吸50ul,然后7min时,吸50ul,解胶联纯化DNA后,浓度在7ng/ul,取10ul,加DNA loading buffer(没跑过水平电泳,第一次没加loading buffer,连条带都没跑出来,后来加了就有条带了),1%琼脂糖电泳。

用超声7min的DNA碎片进行了后续的chip预实验,结果6对引物,有一对得到了阳性结果,所以组蛋白chip还是比较容易做。希望不是新手光环,下次正式实验也能做出来。

回头看,3min的碎片在200-1000bp,5min的碎片在100-500bp,所以chip-seq建议5min? chip-qcr建议3min?

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