骨由骨质、骨膜、骨髓、骨的血管、淋巴管和神经构成。在Micro CT中，可对骨质部分进行深入的形态学分析和研究。骨质分密质和松质：骨密质配布于骨的表面，也称皮质骨；骨松质由骨小梁排列而成，配布于骨的内部，骨小梁的排列与骨所承受的压力和张力的方向一致，因而能承受较大的重量。骨髓腔和松质间隙内充填有骨髓。[1]
借助影像处理软件，可在Micro CT的扫描成像图上选择感兴趣区域（region of interest，ROI）做阈值分割等操作，可以将皮质骨和松质骨进行分割，分别提取到不同组织区域，从而对皮质骨和松质骨（骨小梁）的各种形态学特性进行研究和分析，得到表征骨骼生长和发育水平的参数（见表1）。
| 指标名称 |
简写 |
单位 |
解释及意义 |
| 通用参数 |
骨表面积 |
BS |
mm2 |
通过移动立方体算法对骨组织进行三角测量计算的骨组织表面积 |
| 组织体积 |
TV |
mm3 |
指感兴趣区域总体积，该指标主要根据研究者或研究重点观察区域而定 |
| 骨体积 |
BV |
mm3 |
指感兴趣区域中被定义为骨组织的体积 |
| 骨表面积骨体积比 |
BS/BV |
1/mm |
表示单位体积骨组织的面积大小 |
| 骨表面积组织体积比 |
BS/TV |
1/mm |
又称为骨表面积密度，可以间接反映骨量多少 |
| 骨体积分数 |
BV/TV |
% |
表示骨组织体积与组织体积比值，可直接反应骨量变化情况 |
| 骨矿物质含量 |
BMC |
mg |
表示感兴趣区域骨组织中，所含骨矿物质量的多少 |
| 骨矿物质密度 |
BMD |
g/cm3 |
表示感兴趣区域骨组织中，骨矿物密度的多少 |
表1、 通用骨分析参数表
在通常情况下，当比较对象感兴趣区域骨组织（TV）相同时，BV和骨体积分数BV/TV都能反映骨量多少；骨表面积骨体积比值(BS/BV)和骨表面积组织体积比值(BS/TV)，可以间接反映骨量多少；骨体及分数(BV/TV)是皮质骨和松质骨骨量评价常用指标，对于髓腔内松质骨而言，该比值能够反应不同样本骨小梁骨量的多少，该值增高说明骨合成代谢大于分解代谢，骨量增加，反之亦然，从而能够间接反应骨代谢状况。在评价长骨中段皮质骨骨量和骨代谢状况方面具有同样的价值。
进一步的，借助主要成分为羟基磷灰石的体模，可以根据体模在Micro CT中的成像灰度值，来计算和分析皮质骨/松质骨的组织骨密度（TMD，Tissue Mineral Density）或骨矿物质密度（BMD，Bone Mineral Density）。因骨组织总矿物质含量和矿化程度因解剖部位、生长状态、性别及年龄等因素存在较大差异，对于骨骼研究有重要价值，Micro CT不仅可以迅速地获得样本的BMD，而且不会破坏骨组织标本结构，这与传统评价矿化程度的方法（如定量显微成像术、散射电子显微镜及灰份含量）相比，具有显著优越性[2]。
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