R语言_生成带基因名的火山图_EnhancedVolcano_[空城·崛起]的博客-CSDN博客

R语言_生成带基因名的火山图_EnhancedVolcano

[空城·崛起]
2020-10-10 21:46:03

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文章标签:
生物学
r语言

环境:R_x64_4.0.2 & RStudio_1.2.1335
相比网站生成火山图,使用R语言生成火山图可以满足更多的要求,但相关文章不甚清晰,遂记录一下生成 带标签火山图 的过程,留与媛媛查阅。

效果预览

一、EnhancedVolcano安装方法

1.安装

RStudio中输入

install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano');
  • 1

这里代码意义是下载Github上的EnhancedVolcano包,如果选择节点记得选择国内节点

等待安装直到出现如下提示:

即已经完成安装。

2.检验

检验是否成功安装,输入

library(EnhancedVolcano)
  • 1

声明包,若无ERROR字样即成功安装。

二、使用EnhancedVolcano绘制火山图

1.使用library(EnhancedVolcano)声明EnhancedVolcano包。
2.导入数据,以.csv文件为例

data=read.csv(file="test.csv",header=T,row.names=1,sep=',')
  • 1

参数说明:

  • file="" : 引号内为文件名称,文件要放在默认文件夹下,可打开右下Fils并将文件拖入,见下图
  • header=T:列名默认设置。
  • row.names=1:将第一列作为行名,就是我们要在图中展示的标签。
  • sep=',':以,为分隔符,如果txt输入将参数换为" "(空格)。

示例数据:

3.使用EnhancedVolcano()语句生成火山图,举例如下:

EnhancedVolcano(data, lab = rownames(data), x = 'Foldchange', y = 'Pvalue',xlim = c(-17, 13),ylim=c(1,6),pCutoff = 0.001,FCcutoff = 2)
  • 1

参数说明:

  • data:导入的数据文件。
  • lab = rownames(data):设置标签,方便展示(此参数须在2.步中设置row.names才能使用)
  • x = 'Foldchange'y = 'Pvalue':设置横纵坐标轴与data中列的对应
  • xlim = c(-17, 13)ylim=c(1,6):设置xy展示区间
  • pCutoff = 0.001FCcutoff = 2:自定义阈值线。

在右侧即可看到生成的火山图

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