从转录本或者探针名到基因名的转换方法

从转录本或者探针名到基因名的转换方法


2017-04-08 15:15

在我们的视频课程中,我们介绍了如何使用GEO2R这个自带的工具对GEO中的差异基因进行分析,不过有同学反馈说拿到基因里面不是基因名(Gene Symbol),而是GB_ACC也就是Gene Bank Accession number,

所以我们写这期说明如何从GB_ACC转换到基因名

使用的工具是DAVID :https://david.ncifcrf.gov/

DAVID是网页版进行基因功能分析的最常用工具,不仅可以实现常见的基因功能分析(比如GO、信号通路等),还可以进行基因ID转换。

这里我们要用的就是Shortcut to DAVID Tools里面的Gene ID Conversion功能,方法非常简单,如下图:

第一步:输入GB_ACC,多条序列直接从excel复制即可;

第二步:选择输入的类型GENEBANK_ACCESSION;

第三步:Gene List

第四步:Submit List

弹出下面的界面:

选择物种,比如Homo sapiens,然后选择Show Gene List就好了:

当然,有了基因以后还可以做功能分析:

选择以后我们可以选择要分析的内容:比如GO、pathway等等。

当然,如果我们有的不是GB_ACC,而是芯片的探针名那我们一般就要找到芯片的注释文件,比如从GEO上分析的一般可以找一下平台号,比如GSE89143的平台号是GPL19978:

那我们可以单击下载SOFT formatted Family files注释文件:

下载后通过excel打开:

接下来在excel里面取交集就可以了()。

另外,还可以到公司的官网下载注释文件,或者到一些数据库中下载,比如GSEA:ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/gsea/annotations

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