从转录本或者探针名到基因名的转换方法

2017-04-08 15:15

在我们的视频课程中，我们介绍了如何使用GEO2R这个自带的工具对GEO中的差异基因进行分析，不过有同学反馈说拿到基因里面不是基因名（Gene Symbol），而是GB_ACC也就是Gene Bank Accession number，

所以我们写这期说明如何从GB_ACC转换到基因名。

使用的工具是DAVID ：https://david.ncifcrf.gov/

DAVID是网页版进行基因功能分析的最常用工具，不仅可以实现常见的基因功能分析（比如GO、信号通路等），还可以进行基因ID转换。

这里我们要用的就是Shortcut to DAVID Tools里面的Gene ID Conversion功能，方法非常简单，如下图：

第一步：输入GB_ACC，多条序列直接从excel复制即可;

第二步：选择输入的类型GENEBANK_ACCESSION;

第三步：Gene List

第四步：Submit List

弹出下面的界面：

选择物种，比如Homo sapiens，然后选择Show Gene List就好了：

当然，有了基因以后还可以做功能分析：

选择以后我们可以选择要分析的内容：比如GO、pathway等等。

当然，如果我们有的不是GB_ACC，而是芯片的探针名，那我们一般就要找到芯片的注释文件，比如从GEO上分析的一般可以找一下平台号，比如GSE89143的平台号是GPL19978：

那我们可以单击下载SOFT formatted Family files注释文件：

下载后通过excel打开：

接下来在excel里面取交集就可以了（）。

另外，还可以到公司的官网下载注释文件，或者到一些数据库中下载，比如GSEA：ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/gsea/annotations

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