怎么从生信的免费数据库中挖取LncRNA研究线索?

怎么从生信的免费数据库中挖取LncRNA研究线索?

2017-03-13巴傲得科研顾问

解读原文为:LincRNAFEZF1-AS1 represses p21 expression to promote gastric cancer proliferation through LSD1-Mediated H3K4me2 demethylation (Liu et al. Molecular Cancer (2017)  DOI 10.1186/s12943-017-0588-9 )

一句话解释:组蛋白修饰有啥用?

基因转录发生的第一步是染色质从紧密变为松散,即染色质的开放程度提高,这样后续的转录因子才能结合到DNA上,而组蛋白修饰就是调控染色质松紧的关键因素。

LncRNA在转录前、过程中和结束后的作用是?

转录前:在DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、基因印记等表观遗传调控中发挥作用。

转录中:转录通过与蛋白编码基因碱基互补配对,掩盖启动子等区域,或者通过抑制RNA聚合酶Ⅱ活性、介导染色质重塑、组蛋白修饰的方式干扰下游基因的转录表达; 通过与蛋白编码基因转录物形成互补链,影响mRNA活性,或是作为miRNA的前体分子转录,从而影响miRNA的表达。

转录后:与特定的蛋白质结合形成核酸蛋白复合体,改变蛋白质的细胞定位以调节其活性。

文章概述:

作者报道了一条长度为2564bp长度的lncRNA FEZF1-AS1,该分子在胃癌中是高表达的,并且跟临床预后相关。ChIP实验表明去甲基化酶LSD1能直接结合到P21启动子区。通过RIP、RNA-pulldown实验证实FEZF1-AS1通过LSD1提升组蛋白去甲基化作用,表观抑制P21蛋白的表达。

下面我们来分析一下文章的思路:

1、作者是怎么找到这条LncRNA的?

作者通过GEO(GEO是个公开的芯片数据库,可以免费下载数据)下载的芯片数据,以及lncrnamap在线数据库(同样可以免费下载数据),分析了胃癌及癌旁样本中差异表达lncRNA,发现肿瘤样本中FEZF1-AS1的表达在两组数据库中均显著上升,且上调倍数最高,并且通过小样本量验证,表达差异结果与数据库非常一致。同时,通过ROC曲线数据表明,在胃癌中FEZF1-AS1可作为一个潜在的标志物。

左侧是典型的热图,右侧是典型的高低表达的分析图。

最右侧是生存曲线图。

也就是说,作者是从公开的免费数据库中发现这条线索的,这是不是对我们大家的实验研究很有启发呢?

2、通过体外实验验证FEZF1-AS1的功能

敲减FEZF1-AS1能抑制胃癌细胞的增殖、克隆形成,过表达FEZF1-AS1则能提升胃癌细胞的生长。小鼠成瘤实验表明,干扰掉FEZF1-AS1能抑制肿瘤的生长。实验表明FEZF1-AS1具有非常强的致瘤性,以及促进胃癌的生长。

流式细胞实验结果表明:在胃癌细胞中FEZF1-AS1通过诱导细胞周期进程,从而促进细胞增殖,抑制细胞凋亡。

3、FEZF1-AS1调控细胞进程,怎么富集基因呢,又有一个生物信息学工具GSEA!

通过GESA基因富集分析GEO53137胃癌病人的基因特征数据,对比FEZF1-AS1高或低表达病人的差异基因,发现FEZF1-AS1调控的基因跟细胞周期进程相关。

P21是P53下游的靶基因,通过抑制周期素依赖激酶CDKs复合物活性,协调细胞周期、DNA复制与修复之间的关系,从而将肿瘤抑制作用与细胞周期控制过程紧密相连。p21基因的发现、克隆及其在细胞周期控制与肿瘤发生中有重要作用。

4、FEZF1-AS1的调控机制

通过UCSC Genome Browser(又是一个生物信息学工具!免费的!)查看组蛋白修饰轨道,发现P21启动子区有大量的H3K4me2。由于lncRNA的功能很大程度上跟其定位有密切的关联,作者发现FEZF1-AS1主要定位于细胞核,因此FEZF1-AS1很可能存在转录调控的功能。

通过RIP、RNA pulldown发现FEZF1-AS1能与LSD1结合。

5、胃癌细胞中FEZF1-AS1上调表达的原因

这里作者加了一部分上游内容。通过JASPAR预测了FEZF1-AS1启动子结合的蛋白,发现预测SP-1与FEZF1-AS1启动子区有结合位点。

实验确定,SP-1能调控FEZF1-AS1的表达,并且ChIP实验证明SP-1与FEZF1-AS1基因启动子区结合。

是不是熟悉的配方?熟悉的味道?从海量的免费生物信息学数据中找到研究线索,可能成就一篇好文章!学好生物信息学,走遍天下都不怕!

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肿瘤微环境你真的了解么——微观视界探秘

肿瘤微环境你真的了解么——微观视界探秘

2016-07-23 MedSci

导语:肿瘤微环境就像是一个小的生态环境,与其中的肿瘤细胞有着密切的联系。因此,不论从生物学还是哲学的角度来分析,对肿瘤微环境的研究都是必不可少的。

肿瘤微环境,即肿瘤细胞产生和生活的内环境,其中不仅包括了肿瘤细胞本身,还有其周围的成纤维细胞、免疫和炎性细胞、胶质细胞等各种细胞,同时也包括附近区域内的细胞间质、微血管以及浸润在其中的生物分子。早在100多年以前,Stephen Paget基于乳腺癌的器官特异性转移中的临床观察,提出了著名的“种子与土壤”的概念。

然而,这一假说在当时并未受到足够的重视,将治疗思路仅仅局限于肿瘤细胞本身,导致人类的抗击肿瘤之路走得异常艰难。直到最近,才有越来越多的科学家开始意识到肿瘤与肿瘤微环境是一个不可分割的整体。肿瘤微环境就像是一个小的生态环境,与其中的肿瘤细胞有着密切的联系。因此,不论从生物学还是哲学的角度来分析,对肿瘤微环境的研究都是必不可少的。

1 肿瘤微环境的特点

肿瘤微环境在理化性质方面与人体正常内环境存在着许多不同的地方,比较显著的是其低氧、低PH以及高压的特点。正是因为这样一些特点,才使得肿瘤微环境中存在大量的生长因子、细胞趋化因子和各种蛋白水解酶所产生的免疫炎性反应,这种特性都十分利于肿瘤的增殖、侵袭、粘附、血管生成以及抗放射化疗,促使恶性肿瘤产生。

1.1 低氧环境

Thomlinson在1955就已经注意到了许多恶性肿瘤组织中存在的缺氧状态。缺氧区域内常常出现坏死现象,更容易发生肿瘤的扩散和转移。肿瘤细胞新陈代谢旺盛、生长迅速、繁殖能力强的特点就决定了其对能量需求高,因此其对氧气以及葡萄糖等能量物质的消耗比正常细胞高出许多。

然而,随着肿瘤本身的体积不断增大,肿瘤组织因膨胀而远离了含营养和氧气充足的血管,这种供血不足导致了肿瘤微环境缺氧情况的进一步加深。利用单克隆抗体进行免疫组化的技术,全世界已经有许多研究发现有一种缺氧诱导因子即HIF-1α(hypoxia-inducible factor-1α)在这些缺氧的肿瘤组织中处于高表达状态。它在肿瘤细胞的侵袭、转移、永生化、肿瘤血管生成等方面都扮演重要角色。如Kell等在心肌缺血研究中发现,HIF-1α是调节血管生成的重要因子,控制着多种血管生成生长因子的表达,这与HIF-1α对促进血管内皮生长因子VEGF(vascular endothelial growth factor)的表达有关。

又如Guber在有关乳腺癌的研究中发现HIF-1α处于高表达。另外,还有关于少突神经胶质细胞瘤、子宫、口咽、卵巢癌的研究显示,HIF-1α的过度表达对病人的死亡率有显著的影响。由此可见,HIF-1α的肿瘤表达相当广泛,这也使其成为目前重要的抗肿瘤靶点之一。

1.2 低PH环境

以前大部分科学家认为,肿瘤微环境的低PH主要是由肿瘤细胞的无氧代谢决定的。在缺氧而大量进行葡萄糖分解的情况下,糖酵解就产生了大量的乳酸而引起了PH的下降。然而,有实验证明即使在乳酸产量低或者人工提高肿瘤组织氧分压或供血量的情况下,依然存在低PH的情况,这至少证明无氧代谢不是肿瘤微环境产生酸的唯一机制。

实际上,肿瘤细胞的膜系统上存在着多种离子交换体,在建立肿瘤微环境的酸性环境中起着重要的作用。其中最典型的是V-ATPases,它是一个由13个亚单位组成的靠水解ATP功能的质子运输通道,分布于某些器官、组织或细胞的囊泡、溶酶体、内质网等细胞器上,功能是将质子从胞内泵到胞外,或者从内层膜泵到膜间层。正是V-ATPases的存在,肿瘤细胞才能将代谢中产生的大量H+运输到细胞外,维持细胞质的中性和胞外的酸性环境,以免造成自身的酸中毒。这些被排到肿瘤细胞外的H+就会随浓度梯度进入正常细胞组织内并大量积聚,激活酶级联反应而导致细胞坏死或凋亡,而这更有利于肿瘤的扩散与转移。

另外,还有研究证明肿瘤微环境的酸性环境能诱导溶酶体的分泌增加和活化,激活蛋白水解酶来促进细胞外基质ECM(extracellular matrix)的降解和重构,这都有助于肿瘤的侵袭和转移。由此可见,如V-ATPases等这类靠维持细胞外酸性微环境和腔内酸性pH的能力来促进肿瘤恶变的蛋白载体也是值得我们注意的目标靶点。

1.3 高压环境

肿瘤微环境中的另一个重要特点就是较正常细胞而言呈现组织高压。我们知道正常组织中淋巴系统对调节体液平衡有重要作用。Diresta等在实验中发现如果将人工淋巴系统植入肿瘤,可有效降低肿瘤细胞间质的压力水平,说明肿瘤组织中缺乏这种功能性淋巴系统。

更多的研究发现,肿瘤血管不同于一般血管,具有血管形成不均匀分布、毛细血管间距变大、动静脉短路、内皮细胞不完整以及基底膜中断等特点。正是这些超微结构的区别,使肿瘤血管舒缩性能降低、管壁易受损、血管阻力增大,还会出现血液浓缩、间质内液体增多、血细胞外渗粘性增大等现象,导致血管高渗,最终造成肿瘤间质高压。值得注意的是,肿瘤血管高渗的这种特点是随着肿瘤组织所在位置,肿瘤发展阶段不同而改变的。这给科学家的研究带来了更大的麻烦。

1.4 肿瘤细胞对特殊环境的适应

对于低氧、低PH和高压这些与正常环境不相符的理化特点,肿瘤细胞却能够通过各种生物学调整对之很好地适应,并且肿瘤细胞的这种适应往往会导致恶性循环。从基因的角度上来说,不正常的环境增加了肿瘤细胞基因组的不稳定性和异质性,从而更具抵抗性的肿瘤变异体被选择了。肿瘤细胞通过存活和繁殖,进一步加剧了肿瘤微环境中的缺氧状态,这又进一步增加了基因组的不稳定性。再以低氧条件为例,肿瘤细胞通过上调低HIF-1α在低氧环境中存活下来,并且适应了糖酵解的产乳酸环境。大量乳酸的产生在加上肿瘤组织周围不完整的脉管系统,使分解代谢产物累积,促成了微环境中的低PH环境。

另一方面,缺氧引起的HIF-1α高表达又使得肿瘤细胞表面向内皮细胞分泌一种转运VEGF的小囊泡,并且PH越低越有利于小囊泡对于VEGF的摄取。还有一个临床实例即转移癌细胞所致的骨破坏和骨形成所构成的骨重建。这时,转移癌细胞与破骨细胞、成骨细胞、内皮细胞、骨基质等相互作用,形成了一个自我持续的恶性循环。这个循环一方面不断驱使恶性肿瘤细胞的发展,另一方面进一步促进骨破坏与骨重建。

2 肿瘤微环境中的调控因子

之所以称肿瘤微环境为一个复杂的系统,不仅仅是因为其组成复杂,更是因为其中存在着多种重要的调控因子,包括核转录因子-κB(NF-κB),诱生型一氧化氮合酶(iNOS),环氧化酶-2(COX-2),肿瘤坏死因子-α(TNF-α),缺氧诱导因子-1α(HIF-1α),信号转导和转录激活因子3(STAT3),核因子-E2相关因子-2(Nrf2)等,它们是联系微环境与肿瘤细胞的关键靶点。正是这些调控因子,将肿瘤微环境与肿瘤细胞联系在一起,对整个肿瘤的发生与发展起着重要的调控作用。

其中比较重要的一个调节因子是NF-κB,它在炎症反应中有关键作用,负责调节炎症分子如细胞因子和粘附因子的基因表达。在血管内皮细胞中,NF-κB激活化学增活素(Chemokines)和基质金属蛋白酶(MMPs)的表达来导致血管生成和细胞外基质的降解;而巨噬细胞中,激活NF-κB可以促使iNOS表达,从而促进肿瘤的发展。以NF-κB为靶点的研究目前非常活跃,许多药物都已经进入临床阶段。

与NF-κB相似的还有信号转导和转录激活因子3(STAT3),它接受生长因子、细胞因子细胞外信号或炎症微环境的刺激而被激活上调,其调节的基因产物不但可以促进肿瘤细胞的增殖,抑制其凋亡,而且可作用于微环境,促进血管生成和免疫逃避,与多种恶性肿瘤的发生与发展都密切相关。由此可见,这些调控因子是在肿瘤微环境中,作用于肿瘤细胞的关键枢纽。

3 肿瘤微环境与慢性炎症

在人们研究肿瘤的过程中,发现了两个与以往经验所不相符的现象。

一是以往认为,炎症与癌症是互不相干的独立事件,然而流行病学专家多年研究慢性炎症与肿瘤的关系,发现在结肠癌、胃癌、膀胱癌、肝癌、胰腺癌等多种癌症中会联合出现慢性炎症。

二是经典免疫学认为,通过免疫活性细胞及其分子执行的免疫监视的本来含义是帮助机体对抗有害的入侵者,从而也能发挥有效的抗肿瘤功能。但在肿瘤实际的发展过程中,一些免疫细胞常常从内环境的“保护者”变为了肿瘤细胞的“帮凶”,促进并滋养了肿瘤的发展。

要解释这两个现象,离不开肿瘤微环境这个重要概念。实际上,当肿瘤发生恶变时,有许多炎性免疫细胞被释放到肿瘤微环境中参与和调节,其中起着重要作用的是来自骨髓的巨噬细胞、中性粒细胞、肥大细胞等。它们释放出的化学趋化因子、血管生长因子和基质降解酶等,对肿瘤的生长和侵袭十分有利。

此类例子很多,如乳腺癌及膀胱癌中,趋化因子配体2(CCL2)的表达与预后不良呈正相关;近研究发现炎性细胞中,中性粒细胞对于诱导肿瘤血管生成的作用最强,可以通过分泌基质金属蛋白酶9(MMP9)和基质金属蛋白酶13(MMP13)的方式降解重塑基底膜发挥作用。

再如上文提到的核因子-κB,其的作用极其重要,研究表明,它参与细胞受到各种各样的应激刺激时众多基因的活化,是炎症、天然免疫、后天免疫过程中的中心协调者。这些因子在炎症的促癌功能及对肿瘤的存货发挥着枢纽作用。另外,这些免疫细胞也能通过产生活性氧和活性氮类化合物,来产生过氧亚硝酸盐这种极易引起基因突变的细胞DNA损伤剂。反过来说,肿瘤也会维持甚至加剧这种不稳定的慢性炎症状态。慢性炎症与肿瘤之间的这种无序的微环境在某种意义上成为“无法愈合的伤口”。

4 治疗肿瘤的新思路

前已述及,以前人类大部分治疗癌症的努力都是只着点于肿瘤细胞本身,但是在我们认识到肿瘤微环境对整个肿瘤的发生与发展的重要影响之后,治疗肿瘤的理念正在逐步改变。

1)在了解整个微环境对肿瘤的发生、发展、转移的各种影响方式之后,着手于切断肿瘤微环境与肿瘤细胞之间的联系,我们有了更多可能更有效的药物靶点,比如前文所说的HIF-1α、NF-κB、STAT3等调控因子。

2)弄清楚微环境如何建立对肿瘤有利的条件的机制之后,我们可以选择更合适的手段,设计新的药物破坏这种条件的形成,如质子泵抑制剂(proton pump inhibitor,PPI)能有效阻止V-ATPases的反应,阻断PH梯度的形成,达到抑制肿瘤生长的目地,且因其本身需在低PH的条件才能起作用的特性而对正常细胞的毒性很小。

3)肿瘤的发病机制如此复杂,可想而知再好的单靶向作用的治疗手段必然不能兼顾到细胞中或细胞间生物大分子的互相影响,以及整个肿瘤微环境的信号网络的互相联系。而且单靶向药物通常有强烈的抑制或激活靶点效果,若该靶点承担某些生理功能,改药物极易引起不良反应。因此,基于肿瘤微环境这样一个复杂的系统,我们更应该设计多靶点的药物,不仅要考虑作为“种子”的肿瘤细胞,更要考虑作为“土壤”的肿瘤微环境,从整体上把握,才可能取到更好的治疗效果和更低的毒副作用。

大量研究已证实肿瘤干细胞是肿瘤耐药、复发和转移的根源,慢性炎症与肿瘤的发生和发展密切相关。肿瘤炎性微环境中的IL-6、IL-8、EGF等炎性因子和生长因子激活了肿瘤干细胞内NF-κB/Stat3信号通路,维持肿瘤干细胞的自我更新能力,从而促进肿瘤的生长和转移。深入研究肿瘤炎性微环境对肿瘤干细胞的调控机制,可以使我们找到潜在的治疗靶点,为攻克肿瘤带来新的思路和手段。

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循环冻融和不同的保存条件对肿瘤样本组织中RNA、DNA和蛋白质质量的影响

循环冻融和不同的保存条件对肿瘤样本组织中RNA、DNA和蛋白质质量的影响

2015-12-01

摘要:

背景:高质量的肿瘤样本组织对实验研究尤其是分子实验至关重要。根据实验室的条件,通常选用不同的存储方法来保证样本组织的质量。但是不同的存储方法对样本组织中RNA、DNA和蛋白质的影响尚不清楚,尤其是针对DNA甲基化程度和蛋白质溶解现象。

方法:我们采用了RNALater稳定液、生理盐水、冰冻切片包埋剂、不加保护剂的速冻(对照组)四种存储方法。在配对组织样本中分析了RNA的质量(包括RIN测定、mRNA表达量测定)、DNA的质量(包括DNA扩增检测、RASSF1a基因甲基化程度测定),以及蛋白质的质量。除此以外,我们还分析了经过三次循环冻融后样本中RNA的质量。

结果:RNALater稳定液处理组在正常情况下和三次循环冻融后均表现出良好的RNA质量(RIN>8)。但是速冻样本组织显示结果较差,一次循环冻融后RIN>7,三次循环冻融后RIN>6。生理盐水和冰冻切片包埋处理组的结果也不甚理想,一次循环冻融后RIN>7,两侧循环冻融后RIN>6。不同的存储方法对DNA扩增的影响非常小,但对DNA甲基化程度和蛋白质的质量还是存在影响。冰冻切片包埋处理组相较于其他两组似乎更加安全稳定,其实验结果与对照组非常相近。

结论:在预算和效率的双重考量下,我们建议冰冻切片包埋剂作为最佳存储方法,它不但可以在循环冻融的的情况下很好的保存RNA, 也可以保证DNA和蛋白质的安全稳定。

作者:Wang Y, et al.【West China Hospital,Sichuan University,China】

编译:王晶,刘世建【上海儿童医学中心生物样本库】

校审:王耀賡【原文作者,四川大学华西医院】

原文出处:

Wang, Y., et al. (2015). "The Impactof Different Preservation Conditions and Freezing-Thawing Cycles on Quality ofRNA, DNA, and Proteins in Cancer Tissue." Biopreserv Biobank 13(5): 335-347.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26484573

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Nature:重大突破!揭示癌细胞穿过血管壁发生转移机制

Nature:重大突破!揭示癌细胞穿过血管壁发生转移机制

来源: 梅斯医学–生物谷  

作者:towersimper

很多癌症仅当在体内其他地方形成转移瘤时才变成致命的危险。当单个癌细胞从原发性肿瘤中脱落下来,通过血液运行到达体内较远的部位时,继发性肿瘤(即转移瘤)就会形成。为了做到这一点,它们不得不穿过小血管壁。

如今,在一项新的研究中,来自德国马克斯普朗克心脏与肺部研究所、法兰克福大学的研究人员证实肿瘤细胞杀死血管壁中的特定细胞。这能够让它们离开血管和建立转移瘤,而且这种过程是由一种被称作死亡受体6(DR6)的分子所促进的。相关研究结果发表在2016年8月11日那期Nature期刊上,论文标题为“Tumour-cell-induced endothelial cell necroptosis via death receptor 6 promotes metastasis”。

通过与来自德国科隆大学和海德堡大学的研究人员合作,马克斯普朗克心脏与肺部研究所药物学系主任Stefan Offermanns领导的一个研究团队成功地阐明了其背后的机制。研究人员首次利用体外培养的癌细胞开展实验,首先观察到单个肿瘤细胞如何杀死血管壁中的特定细胞,即血管内皮细胞。在实验室中,这种被称作坏死性凋亡(necroptosis)的过程能够让癌细胞穿过血管内皮细胞层。论文第一作者Boris Strilic说,“我们然后在小鼠体内开展的研究中证实同样的过程也在活的有机体中发生。”

研究人员也发现血管内皮细胞自身也释放出宣告它们自己死亡的信号:这些血管壁细胞(即血管内皮细胞)在它们的表面上含有受体分子DR6。Strilic解释道,“当癌细胞与DR6接触时,癌细胞表面上的蛋白APP激活它。这标志着癌细胞开始攻击血管壁,最终导致血管壁细胞发生坏死性凋亡。”

细胞膜上的死亡受体

Offermanns团队随后证实在经过修饰的让DR6不再发挥功能的小鼠体内,更少的血管内皮细胞发生坏死性凋亡,因而也就导致更少的肿瘤细胞转移。Strilic说,“在阻断DR6或癌细胞蛋白APP后,也会发现这种效果,因而证实了我们之前的观察结果。”

然而,仍然并不完全清楚的是癌细胞是否直接通过血管壁中形成的空隙迁移出去,或者存在一种间接作用:“我们有证据证实当血管壁细胞死亡时,有更多的分子释放出来,这些分子使得癌细胞更容易从周围的区域渗透出去”,Offermanns说道。

Offermanns说,“这种机制可能是治疗或阻止所形成的转移瘤的一个大有希望的起点。”然而,首先还必需确定阻断DR6是否产生不想要的副作用。而且还必需确定这些观察结果在多大程度上适用于人体。

原始出处:doi:10.1038/nature19076

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咬合纸的厚度你会选吗?

咬合纸的厚度你会选吗?

全文738个字 | 建议阅读时间3分钟

咬合纸的厚度到底有多少种?看看下面这张表:

常见咬合纸品牌的种类(数据源自厂商提供的资料)

这么多的种类,一看到就头晕。到底该怎么选?且往下看:

▲ 咬合纸的厚度有什么意义?

只要有咬合纸的印迹,接触距离小于该咬合纸的厚度。(图1)

图1 咬合印迹指示的意义

但是,纸,不能做得太薄。

超薄的咬合纸实际上是由纤维或金属薄膜制成。(图2)

图2 厚薄咬合纸制作上的区别

  • 厚的咬合纸(如:200µm、100µm的厚度)一旦受压,就释放出染色剂,形成印迹;

  • 薄的咬合纸(如:8µm、12µm的厚度)则要有足够的压力,才能形成印迹。

1.两种咬合纸制作的差异,导致了染色原理的差异,如下图:

图3 厚薄咬合纸印迹染色结果的区别

  • 厚咬合纸的印迹往往是一片;

  • 薄咬合纸的印迹多是点和线,而且最好动一动,印迹才明显。

2. 咬合高点的检查主要依靠厚咬合纸:

图4 厚咬合纸对咬合接触点的显示

实际情况,厚薄两种咬合纸显示的印迹差异较大:

图5 200µm和8µm咬合纸印迹的对比,注意图中红圈标记的位置

3. 非正中咬合的调磨,需要配合使用厚薄两种咬合纸:

图6 厚薄咬合纸用于功能运动咬合的调磨

  • 使用两种不同颜色的咬合纸,区分正中咬合与功能运动

  • 功能运动的开始阶段,是最容易出现咬合干扰点的位置;用厚咬合纸进行调磨,能更好地消除咬合干扰。

可以实现功能运动的快速分离。

相比而言,薄咬合纸的印迹显示更为精细。

要实现均匀接触,咬合纸的使用遵循从厚到薄的顺序:

图7 顺次使用咬合纸厚度,以实现均匀接触

 综上,提出咬合纸厚度选择的建议:

  • ICP位咬合的调磨,厚度逐渐变薄,如:从200µm/100µm的厚度,过渡到40µm,最终到8µm

  • 功能运动咬合的调磨,ICP位用红色薄咬合纸(如:40µm),功能运动则用蓝色厚咬合纸(200µm/100µm厚度)

               

 

内容转载自公众号

咬合工作室

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比DNA更可靠:通过牙釉质蛋白确定古代人类残骸性别

比DNA更可靠:通过牙釉质蛋白确定古代人类残骸性别

Amelogenin is a protein found in tooth enamel, the hardest and most durable substance in the human body. The gene for amelogenin happens to be located on both the X and Y sex chromosomes, and the amelogenin-Y protein is slightly different from amelogenin-X.

The method works by retrieving a tiny amount of protein from a tooth. All proteins are made up of a chain of amino acids, so the protein is analyzed to give the amino acid sequence, which then defines the protein. Each of the 20 naturally occurring amino acids is specified by a three-letter code in DNA, so it is possible to work backward from the amino acid sequence and figure out the likely DNA code.

人的釉质蛋白的基因位于XY染色体上,而Y染色体上的釉质蛋白基因序列与X染色体上的稍有不同,从遗留的古代牙齿中先提取釉质蛋白,分析氨基酸序列,倒推ATCG序列,就能知道来自于X染色体还是Y染色体,如果都来自X染色体,就是女的,如有有来自于Y染色体,就是男的。

美国加州大学戴维斯分校的科学家测试了一种根从牙釉质中提取的蛋白质来确定人类遗骸性别的新方法。基于对55具300至2300年前的美洲原住民遗骸的研究,这项技术被证明比基于DNA或骨骼解剖的技术更可靠。虽然对骨骼和牙齿残骸的研究是了解古代人类社会的关键工具,但确定个体性别的传统方法并不总是可靠。

最古老和最广泛使用的方法就是基于男性和女性骨骼的解剖差异,但这些方法只能适用于成年人,也只能适用于能提供足够大样本来编制统计上可靠的表格的种群。更糟糕的是,这些解剖方法在处理骨头碎片时几乎用不上力。

更现代的方法则是通过DNA片段来研究性标记。然而,众所周知,即使使用聚合酶链反应(PCR)等技术,也很难从考古遗址中提取保存完好、未受污染的DNA。虽然聚合酶链反应可以“影印”提取出的微小DNA样本进行分析,但即便如此,由于时间和环境的影响,DNA降解也会影响其作为性别指标的可靠性。

于是在博士后研究员Tammy Buonasera的带领下,加州大学戴维斯分校的研究小组对从加州苏诺附近的两个祖先欧隆族村庄出土的遗骸展开研究。科学家们从牙釉质中提取出了蛋白,而不是通过分类学或DNA展开研究。研究小组通过研究组成这种蛋白质的20个氨基酸序列展开逆向工作来确定产生这种蛋白质的DNA编码,进而确定取牙者的性别。根据研究人员的说法,这种新方法比解剖学或DNA更可靠,后者只在一半的研究案例中有效。此外,这种蛋白质法也适用于儿童遗体。

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2018版美国牙髓病学会牙髓血运重建技术临床操作要点

2018版美国牙髓病学会牙髓血运重建技术临床操作要点

牙髓病学Endodontics

       美国牙髓病学会(AAE)自2013年发布首份《牙髓血运重建技术临床操作要点》以来,分别于2015年4月12日、2016年6月8日、2018年4月1日进一步修订,体现了牙髓再生领域的快速进展。

      

注:封面病例来自Iwaya等的研究。

没有提及是否需要镍钛器械预备

如果不用不锈钢器械或者镍钛器械预备,怎么完全清楚根管内坏死的组织?冲洗或者超声?

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牙隐裂能否保留

近日接诊了一位折裂牙患者,于是对折裂牙相关内容进行了回顾和思考:

牙隐裂是牙裂的一种,又称不全牙裂或牙微裂,是指牙冠表面的非生理性细小裂纹,它可深入到牙本质深层,表浅的隐裂一般无明显症状,较深时,则有遇冷热刺激敏感,或是有咬合不适感。隐裂是造成完全性牙折裂的一个常见因素。从众多临床资料看,第一磨牙的折裂率最高,其次为前磨牙。按照Silvestri对后牙牙折的分类,将其分为完全性斜向折裂和完全性纵向折裂。斜折可涉及一个或二个牙尖;断面可在龈缘上方或下方。纵裂可为牙冠近远中向裂或颊舌向裂,多已达髓室底。

临床中,隐裂牙的早期诊断与折裂牙的综合治疗并不是如很多文献报道的那样简单与明确,往往医生处在一种两难的境地。

早期无明显症状的隐裂牙有时可以通过调合、降低牙尖高度,磨除隐裂线后充填等手段保存患牙,而隐裂达牙本质深层,已有有牙髓炎或根尖周炎症状者,用钢丝结扎或带环固定后行彻底根管治疗并全冠修复现已成为保存患牙的常规治疗方法。完全性折裂牙的治疗则需视折裂的类型,部位和程度而定。折裂达髓室底致牙体与根分叉处形牙周交通的此类患牙保存治疗难度较大,且预后需长时间观察。近年,根切术的临床应用为折裂牙的保存治疗提供了新的思路和方法。对已无咀嚼功能,牙体缺损面积大,折裂后就诊时间过迟,纵折线两侧牙体游离,松动,牙周状况差(有深牙周袋,牙周溢脓或有瘘管形成)的患牙,有时外科拔除成了解除症状的唯一选择。一些学者认为,折裂牙如能早期固定,可以通过折线处的牙骨质沉积而愈合,本人认为此观点尚缺乏足够的证据。最近看了MAURO FRADEANI的ESTHETIC ANALYSIS一书,有一个行根切术的病例印象深刻,值得我们借鉴。(图片随后附上)

折裂牙治疗的适应征的把握一直以来是个难题,全面分析并评估其预后是治疗前医生慎重考虑的内容。其次医患沟通显得尤为重要,患者意愿强烈且对各种预后有所了解,医生可试行保留,但不可急于全冠修复,以避免患者不必要的经济损失。

以下为患者就诊的过程:

患者 女性 45岁 主诉:右上原隐裂牙全冠修复后反复肿痛数日

病史:一年前,因咬合痛两天于外院就诊,当时检查确诊为右上第一前磨牙牙隐裂。

摄片见根充不完善(见上图右),医生遂行钢丝结扎后根管治疗并树脂充填,观察一周无症状即刻行固定义齿连桥修复(14——17四单位桥)(同时伴有第二前磨牙和第一磨牙缺失)。自从戴牙后患者一直不能用右侧咀嚼食物,并反复肿痛,伴有颊侧根方伴有瘘管出现,其医生采用调合处理不见改善,后又曾进行牙周刮治试保留,也没有临床效果。近日自觉此患牙反复肿痛,影响工作与生活,前来就诊。

拍片见根尖周大面积阴影(上图左),近远中探及深牙周袋。建议患者拆除冠桥查看劈裂程度。

瘘管常发部位

拆冠后见24牙冠合面牙体组织及充填体有裂纹,颊舌向劈裂至髓室底, 劈裂部分有相对移位(见上图)。

最终建议拔除此患牙,患者表示同意。

拔除患牙后见离体牙裂纹顺颊舌两根之间直达根尖部(见上两图)

后来我把牙齿浸泡清洗后加拍了一张照片,隐裂更明显。

回顾此病例,其先前主治医生保存患牙的意愿可以理解,但其治疗方案尚有以下不妥:首先折裂牙根管治疗后未行疗效观察就急于全冠修复,且将此患牙作为一侧独立基牙,值得商榷。其次,患者由于反复肿痛再次前去就诊时,已提示保存治疗失败,再尝试保留已没意义。

保存患牙是现在牙体牙周治疗的要求和趋势,但保守治疗还是外科拔除,取决于适应征的把握,而非患者的意愿或医生的经验,有时候果断地舍弃也是一种积极的态度…

下面是病例引自MAURO FRADEANI的ESTHETIC ANALYSIS一书,值得我们借鉴:

拔除没有保留意义的牙根

利用剩余健康牙根进行冠修复,恢复咬合及功能。

王义勇医生:有隐裂的牙齿到底能否保留,需要我们临床更加谨慎的进行检查及效果评价,制定合适的治疗方案。

作者:王义勇医生

文章来源网络,共同分享,共同进步!

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拔牙窝—即刻种植体植入

拔牙窝—即刻种植体植入

2016-01-29 盖氏中国

TizianoTestori 博士和Matteo Capelli 的治疗理念

I.R.C.C.S. Galeazzi 学院,米兰大学,意大利

  • 拔牙同时即刻植入种植体

  • 在前牙区和后牙区使用Geistlich Bio-Oss®颗粒维持颊侧骨板

  • 美学区和非美学区的临床概念

1

适应症列表

背景信息

Tiziano Testori博士和Matteo Capelli博士:

拔牙后即刻植入种植体是一种有效的外科技术,因为它可以优化外科程序、缩短疗程、并改善前牙区拔牙后的美学效果。

种植体曾被认为可以避免颊侧骨板的吸收。然而,最近的研究 1,2和我们的临床经验提示即使拔牙后即刻植入种植体仍然无法避免颊侧骨板的吸收。 我们的目标是保护颊侧骨板、减少其吸收,因此植骨是必需的。最后,我们还需要用美学评分评价效果。”

2

治疗目标

在颊侧骨板与种植体之间的间隙以及颊侧骨板的外侧植入瑞士盖氏生物材料Geistlich Bio-Oss®颗粒状骨移植物用以维持颊侧、腭侧骨板厚度,通常颊侧的过度增量应达到20%。

从颈部取自体骨快恢复水平向和垂直向的牙槽嵴萎缩,外形用Geistlich Bio-Oss®骨填充材料回复并覆盖GeistlichBio-Gide®胶原膜,此法同样适用于上颌窦底提升。

3

外科程序

3.1 临床问题:拔牙后明显的骨吸收

拔除第一和第二磨牙。

即刻植入种植体,未进行任何植骨。

种植体就位(一段式种植体植入)。

6个月后种植体周围软组织愈合情况。可以看到明显的颊侧骨板吸收。

种植体植入后6个月戴入修复体的放射线片。

种植体植入后6个月戴入修复体的临床情况。

3.2

Tiziano Testori 博士和Matteo Capelli的临床理念

种植计划:3.2a 非美学区 & 3.2b 美学区

3.2a 非美学区的临床理念

备注:非美学区指的是后牙区

病例A 种植体和骨壁之间的间隙>3mm

新鲜的拔牙窝。

种植体植入,间隙内植入Geistlich Bio-Oss®骨填充材料(0.25-1mm)。

安放即刻愈合帽,Geistlich Bio-Gide®胶原膜覆盖(未显示)。

种植体植入当天放射线片:种植体与安放的愈合帽就位。注意近、远中骨间隙内的骨移植材料。

颌面观,颊侧骨吸收不明显。

最终修复体的颌面观。

修复体在口内的放射影像。骨移植在愈合2年后骨移植物稳定。

病例B 种植体和骨壁之间的间隙<3mm。

新鲜的拔牙窝。

种植体植入,间隙内和外表面植入Geistlich Bio-Oss®骨填充材料(0.25-1mm)。

双层Geistlich Bio-Gide®胶原膜盖在植骨区外侧,为了使得腭侧软组织厚度更好,将腭侧软组织片切为两层,同时带蒂的旋转瓣覆盖在Geistlich Bio-Gide®胶原膜的外方。

种植体植入当天安放覆盖螺丝的放射线片。可以看到后牙种植体周围的植骨影像。

愈合后的牙合面观,可见愈合帽小面积暴露。

安放印模帽。注意第一磨牙种植体颊侧骨量。

安放临时基台时的放射影像。注意术后6个月植骨区域的稳定性。

永久修复体就位后的牙合面观。

3.2b 美学区的临床理念

备注:患者与临床医生在审美效果方面的看法可能不同。通常的将美学需要按照高位、中位、低位笑线进行分类已经无法满足患者的需求。我们的建议视每一个前牙种植病例为美学病例,无论其笑线如何。

无法保留的上颌第一前磨牙.

微创拔牙后的牙槽窝。

(左)指示杆方向平行于相邻前磨牙的牙根。

(右)正面观,种植体应该向颊侧倾斜。这样倾斜临床上有两个优点:第一,避免在根方从颊侧骨板穿通(前磨牙位点上颌骨的解剖特点所致);第二,如果种植体平台偏唇侧的话,可以帮助获得理想的穿龈轮廓。这使得修复体外形的制作设计更容易。

安放2mm高度的愈合帽。

牙槽窝内外侧均放置Geistlich Bio-Oss®骨填充材料(0.25-1mm)。根据我们的经验,这种植骨方式可以放止颊侧骨板的吸收和随之出现的美学区骨凹陷。骨颗粒外方覆盖Geistlich Bio-Gide®胶原膜。

盖氏Geistlich Bio-Gide®胶原膜覆盖在愈合帽的上方。将胶原膜暴露愈合,以避免黏膜的移位变形,并同时增加种植体周围角化龈。

术后3个月种植体周围软组织的愈合情况。

临时修复体的颊面观。

临时修复体的颌面观。

最终修复体的颊面观。

最终修复体的颌面观。

放射线线片显示采用平台转移理念制作的最终修复体。

参考文献

1 Araujo MG, SukekavaF, Wennström JL, Lindhe J: Ridge alterations following implant placement infresh extraction sockets: An experimental study in the dog. J Clin Periodontol 2005; 32:645-652.

2 Araujo MG, SukekavaF, Wennström JL, Lindhe J: Tissue modeling following implant placement in freshextraction sockets. Clin. Oral Impl. Res. 17, 2006; 615-624.

3 Testori T, Bianchi F,Del Fabbro M, Capelli M, Zuffetti F, Berlucchi I, Taschieri S, Francetti L,Weinstein RL: Implant aesthetic score for evaluating

theoutcome: Immediate loading in the aesthetic zone.Pract Proced Aesthet Dent 2005;17:123-130.

联系方式

Tiziano Testori博士

ViaRubini 22, 22100 Como, Italy

电话: +39-31-241652, 

传真: +39-31-243027, 

电子邮件:tiziano.testori@tin.it, 

网站:www.implantologiaitalia.it

Matteo Capelli医生

ViaBrera 28A, 20121 Milano, Italy

电话:+39-2-72094471,

电子邮件:matcap@dentalbrera.com

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