临床研究必备！TCGA的兄弟数据库，一站式出图，还学啥R语言？？？！！！
科研话题下的优秀回答者
对于TCGA(The Cancer Genome Atlas)这个在生信研究中大佬级别的存在，想必大家伙儿都已经耳熟能详了吧？前不久我们一本八道老师对TCGA家族的好兄弟TCIA(The Cancer Immunome Atlas)做了详细介绍，大快朵颐之后，不少小伙伴不禁感慨意犹未尽。那么在今天，就来说说TCGA的另外一个好兄弟——TCPA数据库(The Cancer Proteome Atlas)，大家伙儿都备好瓜子饮料小板凳，不要走开哦~！
传送门：你造么？肿瘤数据库除了TCGA，还有TCIA？！
TCPA数据库简介
TCPA数据库网址http://www.tcpaportal.org，其介绍于2013年发表在Nature Methods杂志上，至2019年更新到3.0版本，整合了来自TCGA和一些肿瘤研究项目的RPPA(Revers Phase Protein microArray)芯片数据，包含两个独立Web板块。
TCPA数据库网址http://www.tcpaportal.org ，其介绍于2013年发表在Nature Methods杂志上，至2019年更新到3.0版本，整合了来自TCGA和一些肿瘤研究项目的RPPA(Revers Phase Protein microArray)芯片数据，包含两个独立Web板块。
1 Patient Cohorts
着眼于肿瘤患者的RPPA数据，包含肿瘤基因组图谱中32种肿瘤类型共8167个肿瘤组织样本，目前设置Summary、My Protein、Visualization和Analysis四大功能模块。对于每个数据集，TCPA还提供level3和level4数据，level3数据代表来自独立批次的归一化数据，level4数据代表多个批次的合并数据。目前更新到2019年10月3.2版本。
2 Cancer Cell Lines
侧重于肿瘤细胞系的RPPA数据，包含19个谱系的超过665个独立细胞系，同样设置Data Sets、My Protein、Visualization和Analysis四大功能模块，目前更新至2020年7月2.02版本。
下面我就来为大家进行TCPA数据库功能板块与操作演示：
一、Patient Cohorts功能板块
点击Patient Cohorts进入功能界面：左侧边栏主要是，Home(首页)，Overview(数据库介绍)，About(版本信息)，News(历史发布消息)，FAQ(常见问题)，Resources(数据来源)，Credits(发表论文时引用信息)，Forum(论坛)，Contact(联系方式)和Download(下载注意事项)；右边栏分别是，Summary、My Protein、Visualization和Analysis四个功能模块。
下面是FAQ两个比较重要的问题
（1）关于什么是RPPA芯片数据？
（2）关于TCPA数据Level1~4数据类型？
点击FAQ进去可查看详情。
以下是数据来源，包括Oncomine、TCGA等数据库，并提供各个数据库访问链接。
以下是四个功能模块介绍：
1 Summary
点击Summary进入详细界面，可以看到以不同肿瘤为导向的数据集来源，样本数目和相关蛋白数目，点击Show可查看详细信息，包括数据集编号、数据来源、平台信息、种属、样本数和标准化信息等。
2 My Protein
点击My Protein进入详细界面，显示蛋白详细信息，包括对应基因、验证状态、种属和抗体来源等信息，点击Gene Info栏链接(G:GeneCard或O:OncoMX)可以查看基因信息。选择感兴趣的蛋白，单击View“+”按钮得到该蛋白在不同肿瘤组织中表达丰度柱状图，鼠标悬停在图上可查看具体统计信息。
3 Visualization
点击Visualization进入详细界面，可以看到Network Visualization网络菜单和Heatmap Visualization热图菜单。
（1）点击Network Visualization进入功能界面，选择感兴趣的肿瘤数据集，点击Dataset Description可以查看该数据集详细信息。
点击Show可以得到基于HPRD数据库的蛋白互作网络图，线条的颜色和宽度取决于两个互作蛋白之间的相关性，红色表示正相关，绿色表示负相关，右侧边栏可设置显著性条件，可隐藏非显著相关的互作关系。
点击NDEx可进入在线工具进行网络图个性化设置，左下检索框可输入感兴趣蛋白查看互作关系，可以选择感兴趣的可视化形式，右下位置可下载Cytoscape格式文件，点击Type处叹号，有多种网络图类型供大家选择。
（2）点击Heatmap Visualization进入功能界面，选择感兴趣的肿瘤数据集，可以得到三张热图，K=3,4,5分别代表分3,4,5个cluster。
选择其中一个点击进入，点击左上角Dialogs可进行个性化设置，鼠标悬停某个样本可显示其详细信息，点击左上角Misc-PDF可下载PDF格式图片。
4 Analysis
点击Analysis进入详细界面，可以看到Individual Cancer Analysis和Pan-cancer Analysis两个功能菜单。
（1）点击Individual Cancer Analysis进入功能界面，有三个菜单：Correlation Analysis相关性分析，可以在不同肿瘤甚至不同组学数据间进行；Differential Analysis差异分析，可以在两种不同类型肿瘤或者两种亚型肿瘤之间进行；Survival Analysis生存分析，提供Cox proportional hazards model, log rank–test P values和Kaplan-Meier plot三种方法。
①点击进入Correlation Analysis界面，选择感兴趣的肿瘤，点击show，结果列出该肿瘤所有蛋白两两之间相关性结果，选择或Search检索目标蛋白，点击Plot查看图形结果，鼠标悬停散点上可查看具体信息。
②点击Differential Analysis进入功能界面，选择感兴趣的两种肿瘤或同一肿瘤不同亚型做差异分析，点击Show可得到差异表达结果，选择或Search检索目标蛋白，点击Plot可以出图，鼠标悬停箱图可查看具体信息。
③点击Survival Analysis进入功能界面，选择感兴趣的肿瘤数据集，点击show可得到每个蛋白生存分析结果，根据蛋白表达的中位数将患者样本分为两组，提供Cox P和Log-Rank P两个参数，选择或Search检索目标蛋白，点击Plot可以出Kaplan-Meier生存曲线图。
（2）点击Pan-cancer Analysis进入功能界面，有两个菜单：Protein Centric Analysis和Pathway Centric Abalysis。
①点击Protein Centric Analysis，可看到TCPA提供四种以蛋白为核心的基于临床信息、DNA、蛋白和RNA四个维度的分析工具。
选择Clinical，可以得到蛋白在不同肿瘤亚型、分期、病理级别和生存状态的差异性结果，Search可检索感兴趣的肿瘤或蛋白，点击plot可得到箱图结果，如下图，分别是以乳腺癌PAM50亚型和ER阳性状态分组绘图。
选择DNA，可以得到蛋白表达量在不同基因突变、甲基化和CNV拷贝数变异的差异结果，Search可检索感兴趣的肿瘤或蛋白，点击plot可得到箱图结果。
进入Protein菜单，可以得到两种蛋白相关性结果，进入RNA菜单，可以得到某蛋白与miRNA或mRNA相关性结果，此处均不做赘述。
②点击Pathway Centric Analysis，此处提示数据库更新中，可看到类似于Protein Centric Analysis菜单界面，小伙伴可自行摸索，不做赘述。
二、Cancer Cell Lines功能板块
点击Cancer Cell Lines进入功能界面：分别是Data-Sets、My Protein、Visualization和Analysis四个功能模块。
以下是四个功能模块介绍：
1 Data-Sets
点击Data-Sets进入详细界面，可以看到TCPA提供CCLE和MDACC这两个数据源的各种肿瘤RPPA数据集，选择一个点击Submit可查看具体信息。
2 My Protein
点击My Protein进入详细界面，选择CCLE或MDACC来源，选择或Search检索感兴趣的蛋白，单击Plot“+”按钮得到该蛋白在不同肿瘤组织中表达丰度柱状图。
3 Visualization
点击Visualization进入详细界面，可以看到Protein-Protein Networks和Dynamic Heatmaps菜单，后者与前述类似，点击Protein-Protein Networks进入功能界面，选择感兴趣的肿瘤，选择数据库，点击Submit，得到蛋白互作网络图，参数设置基本同前。
4 Analysis
点击Analysis进入详细界面，可以看到Protein-Protein Correlation、Protein-Drug Correlation、Protein-Mutation Correlation和Protein-Dependency Correlation菜单。点击Protein-Protein Correlation进入功能界面，选择感兴趣的肿瘤，点击Submit，得到蛋白与蛋白相关性结果，点击plot可以出图，鼠标悬停散点上可查看具体信息。
点击Protein-Drug Correlation进入功能界面，选择药物数据库和感兴趣的肿瘤，可以蛋白检索或以药物检索，点击Submit，得到与目标蛋白或目标药物相关的药物或蛋白信息，点击plot可看到蛋白-药物相关性火山图，红色代表显著正相关，绿色代表显著负相关，鼠标悬停在每个圆圈上可看到相应药物名称、相关性、p值和样本数量，点击左边小图标可下载图片。
Protein-Mutation Correlation和Protein-Dependency Correlation菜单与前述类似，小伙伴们可自行摸索。
好啦，TCGA的兄弟TCPA就介绍到这里，小伙伴们是不是都已经急不可耐去实操一遍啦，哈哈~我们下期再见了~~
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