玩转GO和KEGG富集因子图的N种姿势: 3种数据处理(含在线筛选条目),3种排序方式,本地交互图片

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适用场景

富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项,其中,尤以GO和KEGG富集因子图最为常见,见封面图。这张图非常经典,相比于其他富集分析结果,它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量,更全面,更能辅助下结论。

得到这张图有两种方式:

1. 从挑选基因开始做富集性分析,做完一套分析得到此图;

针对这个需求,出门左转,请使用【通用版富集分析】

通用版富集性分析www.omicstudio.cn

2. 在富集性分析的基础上进行调整,包括基于这个结果重新选择数据绘制(一般默认绘制p值最小的前20项),数据在图中的排布方式,以及颜色字号调整等美化方案:

KEGG富集因子图www.omicstudio.cn

本文主要基于第二种方式,关于第一种方式,刚刚进行了全面更新上线,增加了大量在线个性化调整的控件,后续会发文详细介绍,敬请期待哦。

3种数据处理方式

这张图的数据处理方案不是唯一的:比如默认是按p值从小到大前20项,那如果我关心的条目排位在第21个,是不是就不能画了呢?比如我不想按照p值来进行筛选,是否可以只画我关心的条目,即使他们的统计学条件并不显著?比如除了p值,就不能用富集因子来进行筛选了么?

基于以上问题,本工具提供了3种数据处理方案:

1.按输入顺序绘制;

2.按阈值筛选:p值和富集因子;

3.自定义通路:即在线筛选条目

在实际应用场景中,如果想要绘制特定通路,自己整理数据是一个比较麻烦的过程,在这个云工具中省力很多,只要上传全表,在线填写您关注的条目,即可自行筛选绘制。

更详细内容的看视频即可:

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KEGG富集因子图的3种数据处理方式(在线)

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3种排序方式

排序方式看个人喜好和想表达的观点。本工具提供按p值排序(左)、按富集因子排序(右)和自定义排序三种方式。

按p值排序的话,点的颜色按渐变方式排布;按富集因子排序的话,点的坐标轴位置是规整排布的。一般来说,p值比富集因子更重要一些,所以默认按p值排布。以富集因子排布也没问题,两张图所呈现的信息量是相同的,详细内容见视频。

01:28

KEGG富集因子图的3种排序方式

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本地交互图片

此工具有在线互动图,点击图中【互动版】即可。如图,此模式下鼠标悬停可以看到点的更多信息。

当然,考虑到每次想用互动版的时候都要用云工具重新作图非常不方便,这里也提供了本地互动模式:在下载的结果中找到html文件,无需联网也可互动。

上图是在线互动版,下图是本地互动版(下载结果中的html文件),看浏览器地址,与云平台无关,可离线调试:

这个模式的推荐打开方式是把所有通路都画出来。

一般作为论文图片的要求,我们只能绘制部分主要结果,而在实际科研过程中,我们是先探索数据,有了结论最后再画图的。本地交互模式非常适合用于探索数据:数据太多可以缩放浏览器页面(Ctrl+滚动鼠标滚轮)进行调整,想看清局部数据可选中一块矩形区域,会自行放大,双击恢复。详细内容见视频。

本地互动版,推荐绘制所有数据

06:24

KEGG富集因子图-本地交互图片

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