lncRNA数据库——Lnc2Cancer v2.0

科研 话题的优秀回答者

随着新热点的出现,lncRNA在肿瘤中的研究看上去没那么火了,但2019年发文量却再创新高,达到了3252篇。相信正在做lncRNA的同学依然还有很多,在这个过程中如果你有这些需求:

想知道这个lncRNA有没有人做过?

这个lncRNA在哪些肿瘤里被研究过?

在细胞或组织中被验证过?

关于这个lncRNA有没有测序数据?

这个lncRNA有哪些表型?

关于lncRNA和表型有哪些实验可以进行?

这个数据库就能帮到你。

今天介绍的是由哈尔滨医科大学李霞教授组开发的Lnc2Cancer v2.0数据库,网址:http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer,相关文章发表在国际知名期刊Nucleic Acids Research上面。(PS:如果想知道lncRNA与哪些基因有interaction等等,那就看我们之前介绍过的starbase数据库,也很棒的数据库)

网站的主页长这个样子,在红色的框框里,大家可以直接搜索lncRNA或者癌种,也可以在箭头指的地方进入网站的1.0版本。

在底下有7个图片,表示Lnc2Cancer v2.0的7个重要功能。

分别是人类肿瘤中的循环lncRNA(液体活检也是热点哦);

肿瘤中的抗药性相关lncRNA;

肿瘤中能预测病人预后的lncRNA;

肿瘤中被miRNA调节的lncRNA;

肿瘤中被变异调节的lncRNA;

肿瘤中被转录因子调节的lncRNA;

肿瘤中被甲基化调节的lncRNA。

所以筛选到一个lncRNA,如果你不知道怎么动手,来这个网站逛一逛说不定就能找到合适的方向和灵感了。

点击7个模块中的任何一个,出现的结果界面都长下面这个样子,可以看到lncRNA和肿瘤名称,研究所采用的方法,表达模式是上调还是下调,是否与抗药有关,是否在循环中出现,以及是否能预测病人预后,还有文献来源。

点击details进去可以查看更多内容,如功能,样本或者细胞系,功能描述等。

上面黄色条带中的红色方框的部分可以帮助大家定位或筛选lncRNA。比如lncRNA centric部分,可以直接筛选,也可以只看有实验验证的某部分,帮助你快速找到相关的lncRNA和文献。

Cancer Centric部分可以选择自己研究的癌种,这里的癌种数目就很多了,共有165个癌种。

高级搜索部分可以帮助大家多条件筛选,比如下图中,我选的是肝癌中那些能预测病人预后,机制为miRNA调节,且被RNA-Seq等多种方法在组织和细胞中验证了的lncRNA。然后还真找到了一条,点击进去看了下,文章发表在了影响因子10分多的Molecular cancer

如果你想自己找一些lncRNA的测序或者芯片数据集,也可以点击顶头的“HIGH-THROUGHPUT EXPERIMENT”查看,网站记录了数据的相关信息,如样本数等等。

如果你想知道这个lncRNA研究得多不多,可以点击顶头的“LNCRNA-CANCER SCORE”,然后会出现如下列表,score越高,表示被研究得越多。

当然,如果你想下载这个数据库的数据自己回去倒腾也是可以的,点击顶头的“DOWNLOAD”就可以了。

关于这个数据库的介绍就到这里了,相比于之前介绍的starbase那种能够辅助你挖掘新lncRNA数据库,Lnc2Cancer v2.0则是告诉你以往的lncRNA都研究得怎么样了,都怎么研究的,大概研究出了个什么结论。

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