lncRNA数据库——Lnc2Cancer v2.0

科研 话题的优秀回答者

随着新热点的出现，lncRNA在肿瘤中的研究看上去没那么火了，但2019年发文量却再创新高，达到了3252篇。相信正在做lncRNA的同学依然还有很多，在这个过程中如果你有这些需求：

想知道这个lncRNA有没有人做过？

这个lncRNA在哪些肿瘤里被研究过？

在细胞或组织中被验证过？

关于这个lncRNA有没有测序数据？

这个lncRNA有哪些表型？

关于lncRNA和表型有哪些实验可以进行？

这个数据库就能帮到你。

今天介绍的是由哈尔滨医科大学李霞教授组开发的Lnc2Cancer v2.0数据库，网址：http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer，相关文章发表在国际知名期刊Nucleic Acids Research上面。（PS：如果想知道lncRNA与哪些基因有interaction等等，那就看我们之前介绍过的starbase数据库，也很棒的数据库）

网站的主页长这个样子，在红色的框框里，大家可以直接搜索lncRNA或者癌种，也可以在箭头指的地方进入网站的1.0版本。

在底下有7个图片，表示Lnc2Cancer v2.0的7个重要功能。

分别是人类肿瘤中的循环lncRNA（液体活检也是热点哦）；

肿瘤中的抗药性相关lncRNA；

肿瘤中能预测病人预后的lncRNA；

肿瘤中被miRNA调节的lncRNA；

肿瘤中被变异调节的lncRNA；

肿瘤中被转录因子调节的lncRNA；

肿瘤中被甲基化调节的lncRNA。

所以筛选到一个lncRNA，如果你不知道怎么动手，来这个网站逛一逛说不定就能找到合适的方向和灵感了。

点击7个模块中的任何一个，出现的结果界面都长下面这个样子，可以看到lncRNA和肿瘤名称，研究所采用的方法，表达模式是上调还是下调，是否与抗药有关，是否在循环中出现，以及是否能预测病人预后，还有文献来源。

点击details进去可以查看更多内容，如功能，样本或者细胞系，功能描述等。

上面黄色条带中的红色方框的部分可以帮助大家定位或筛选lncRNA。比如lncRNA centric部分，可以直接筛选，也可以只看有实验验证的某部分，帮助你快速找到相关的lncRNA和文献。

Cancer Centric部分可以选择自己研究的癌种，这里的癌种数目就很多了，共有165个癌种。

高级搜索部分可以帮助大家多条件筛选，比如下图中，我选的是肝癌中那些能预测病人预后，机制为miRNA调节，且被RNA-Seq等多种方法在组织和细胞中验证了的lncRNA。然后还真找到了一条，点击进去看了下，文章发表在了影响因子10分多的Molecular cancer。

如果你想自己找一些lncRNA的测序或者芯片数据集，也可以点击顶头的“HIGH-THROUGHPUT EXPERIMENT”查看，网站记录了数据的相关信息，如样本数等等。

如果你想知道这个lncRNA研究得多不多，可以点击顶头的“LNCRNA-CANCER SCORE”，然后会出现如下列表，score越高，表示被研究得越多。

当然，如果你想下载这个数据库的数据自己回去倒腾也是可以的，点击顶头的“DOWNLOAD”就可以了。

关于这个数据库的介绍就到这里了，相比于之前介绍的starbase那种能够辅助你挖掘新lncRNA数据库，Lnc2Cancer v2.0则是告诉你以往的lncRNA都研究得怎么样了，都怎么研究的，大概研究出了个什么结论。

Measure

Measure

点击数：0